一、专著：
1，《红太阳是怎样升起的：延安整风运动的来龙去脉》，香港中文大学出版社，2000年2月出版（全书约60万字）。2002年5月重印。
2，《身份和差异：1949-1965年中国社会的政治分层》，香港中文大学，香港亚太研究所，2004年出版。
3，《在历史的“风陵渡”口》（论文集），香港时代国际出版有限公司，2005年12月出版。
二、合著、合译：
1，参加张宪文主编的《抗日战争的正面战场》，河南人民出版社，1987年出版。
2，参加茅家琦主编的《台湾三十年（1949-1979）》，河南人民出版社，1988年出版。
3，参加茅家琦主编的《八十年代的台湾》，河南人民出版社，1991年出版。
4，参加钱乘旦主编的《现代文明的起源与演进》，南京大学出版社，1991年出版。
5，参加许纪霖、陈达凯主编的《中国现代化史》（第一卷），上海三联书店，1995年出版。
6，（美）墨子刻：《摆脱困境—新儒学与中国政治文化的演进》（与颜世安、黄东兰合译）， 江苏人民出版社，1990年出版。
7、（美）易劳逸：《流产的革命》（合译），中国青年出版社，1992年出版。
三、论文：
1，《论孙科革新国民党的努力及其失败》，载《南京大学学报》，1988年第3期。
2，《非经济因素与台湾经济现代化关系之辨析》，载《南京大学学报》，1989年第3期。
3，《台湾文化的危机及其未来发展之展望》（与茅家琦教授合作），载《南京大学学报》，1990年第5—6期合刊。
4，《力行社成立时间及组织层构之考释》，载《民国档案》，1991年第4期。
5，《关于国民政府南京十年的若干问题》，载《南京大学学报》，1992年第4期。
6，《毛泽东与1937年的刘、洛之争》，载《南京大学学报》, 1993年第4期。
7，《在道与势之间—毛泽东为发动延安整风运动所作的准备》，载《中国社会科学季刊》（香港）1993年秋季号。被译成英文：Between "Ideology" and "Influence": Preparations Made by Mao Zedong for the Yan’an Rectification Movement, 载 Chinese Social Sciences Year Book (1994), published by Hong Kong Social Sciences Service Center, the Institute of Chinese Social Sciences（香港社会科学中心，中国社会科学研究所）
8，《论抗战后期孙科的“左”倾》，载《民国研究》，第2辑，南京大学出版社1995年7月出版。
9，《近代中国社会转型的历史教训》，载《战略与管理》，1995年第4期。
10，《孙科与国民政府的对苏外交（1932—1945）》，载《南京大学学报》，1998年第2期。
11，《北京政争与地方——释读<江渭清回忆录>》，载香港中文大学《二十一世纪》，1998年4月号（总46期）。
12，《大跃进与国家权力的扩张—— 以江苏省为例》，载香港中文大学《二十一世纪》，1998年8月号(总第48期)。
13，《从“再造”国民党到“以党治国”：二十年代末到三十年代初孙科的政治主张》，载《民国档案》，1998年第3期。
14，《在史料的丛林中——读陈永发新著<中国共产革命七十年>》，载香港中文大学《二十一世纪》，1999年6月号(总第53期)。
15，《民族主义乎？国际主义乎？》，载日本《百年》，1999年第4期。
16，《“肃ＡＢ团”事件的历史考察》，载香港中文大学《二十一世纪》，1999年8月号(总第54期)。
17，《试论延安教育的价值和意义》，载《江苏社会科学》，1999年第6期。
18，《鞍钢宪法的历史真实与“政治正确性”》，载香港中文大学《二十一世纪》2000年4月号（总第58期）。
19，《大饥荒与四清运动的起源》，载香港中文大学《二十一世纪》，2000年8月号(总第60期)。
20，《论孙科在制定“五五宪草”过程中的思想变化》，载《江海学刊》，2000年第4期。
21，《反思中的开拓：茅家琦先生在中国近代史研究领域的新贡献》，载《焚膏补拙-----历史学家茅家琦》，南京大学出版社，2001年9月出版。
22，《延安教育的演变：教育是目标还是手段？》，载《中国的自由教育》，朗文香港教育出版社，2001年出版。
23，《初读<杨尚昆日记》,《南方周末》特稿,
24，《大饥荒中的“粮食食用增量法”与代食品》，载香港中文大学《二十一世纪》，2002年8月号（总第72期）。
25，《1960年“持续跃进”中的江苏省城市人民公社运动》（第二作者为黄骏），载《浙江学刊》，2002年第5期。
26，《叙事视角的多样性和当代史研究：以50年代历史研究为例》，载《南京大学学报》，2003年第3期。
27，《百年现代化三题》，收入许江主编：《人文中国》，中国美术学院出版社， 2003年10月出版。
28，《毛泽东是重大的历史现象——答<凤凰周刊>问》，载《凤凰周刊》，2003年第35期。
29，《“有所思”和文革的发动》，载《炎黄春秋》，2004年第1期。
30，《略论胡绳晚年的思想变化》，载《江西社会科学》，2004年第5期。
31，《当代中国史史料的若干问题》，收入许纪霖、刘擎主编：《丽娃河畔论思想》，华东师范大学出版社，2004年12月出版。
32，《在贵州“四清运动”的背后》，载香港中文大学《二十一世纪》，2006年2月号（总第93期）。
33，《“思想”的累与痛——胡伯威<青春•北大>读后》，载《博览群书》2006年5期。
三，随感，观察,
1，《孙科的晚年岁月》，载《纵横》，1998年第5期。
2，《历史漩涡中的朱瑞》，载《老照片》，第8辑，1998年。
3，《人有病，天知否？》，载《万象》，2001年第2期。
4，《延安：一个社会改造的样本》，载广州《南方周末》，
5，《革命女性陈琮英》，载《财经》，2003年第12期。
6，《你为中国做的贡献已载入史册》，载《怀念李慎之》，2003年5月。
7，《横看成岭侧成峰：发现当代史的多重面相》，载《南京大学学报》，2003年第3期。
8, 《在历史中求真实》，载《世纪》，2004年第3期。
9，《大陆应知晓的台湾竞选生态》，载《凤凰周刊》，2004年第9期。
10，《近距离感受“台岛心态”》，载《凤凰周刊》，2004年第12期。
11，《国民党下一步怎么走》，载《南风窗》，
12，《行走在历史的河流》，载《社会科学论坛》，2006年第5期。
