进入20世纪90年代后，台湾学界的相关研究已摆脱了过去的意识形态化色彩，一些刊物也实现了从内容到刊名的转型，《x情研究》继1969年改名为《中共研究》后，80年代再易名为《中国大陆研究》，原《共党问题研究》更易名为《展望与探索》。90年代末出版的，由台湾大学政治系主办的《中国大陆研究教学通讯》侧重介绍台湾各院校对大陆研究的动态，最近创刊的、由台湾中央大学历史研究所主办的《两岸发展史研究》则侧重于从历史学的角度刊载相关研究论文。目前在台湾中研院近代史所和政治大学东亚所等一些院所，都有一些学者和研究生在从事“50-60年代历史”的研究，尽管不少研究仍存在语境理解、历史背景掌握、资料收集及释读等方面的缺陷，但在总的水平上已较过去有长足的进步，一些研究成果有较高的学术价值，得到大陆同行学者的重视。