3、提出国民大会不宜于经常开会的意见。孙科认为，国大经常开会，将妨碍政府各部门行使职权。
4、为特殊情况下停止宪法有关人民权利的条款预埋伏笔。孙科说“资本主义国家对财产保障是很重要的，在战时就不能不暂时放弃，许多国家宪法虽无条件保障，但下戒严令时，可以对宪法某几条暂时停止效力。世界各国既有先例，中国行宪政时，是否采用由总统下令停止某几条宪法效力的方式呢”？[48]
孙科对“五五宪草”的说明引致中共、民盟和青年党方面的不满。中共代表吴玉章发言就几个问题表达中共的意见：
1、保障人民权利问题。吴玉章指出，“宪法应保障人民权利，不应限制人民权利”，但是五五宪草关于人民权利大都规定“非依法不得限制”字样，换言之，人民的权利还是受到宪法的限制的。
2、中央与地方权限问题。吴玉章指出，五五宪草中规定总统权力太大，“容易流于个人专断之弊”，应予以修改。吴玉章并主张吸取英美等先进民主国家所行的国会制度的经验。
3、地方制度问题。吴玉章提议实行省自治制度，省长名选，省自制省宪。
4、要求在宪法上规定，有关军事、文化、经济的民主政策。[49]
对于孙科在说明中提出的“为顾到政府各部分的分工合作，国民大会不宜经常开会”，除国民党外的各方均持异议。蒋匀田回忆说：“这样如何代表人民行使政权呢？所以无党无派代表及中共、民盟与青年党代表均不满意五五宪草，而主张另行宪草”。[50]
在中共、民盟和青年党的要求下，经过宪草分组委员会4次讨论后，国民党在几个引起争议的问题上作了让步，而这种让步又是与孙科的努力分不开的。
在宪草修改过程中，张君劢等拟定了宪草修改12原则，其中心意思是削弱总统实权，将大权集中于行政院，变国大为无形国大，确定省自治原则，省长民选，省可制定省宪。
由于张君劢等思路与孙科的理念十分接近— 孙期望通过一部具有民主精神的宪法，限制蒋介石的独裁，因而孙科对宪草修改12条原则持接受和肯定的态度。[51]
蒋介石为什么会同意这个限制自己权力的宪草修改方案，据梁漱溟回忆，这是因为蒋介石对政协会议并不重视，没有注意阅看孙科的呈文，而当发现“问题”时已为时太晚，不及修正。故蒋介石声称“事前未能详阅条文，在协议决定以前，不及向本党贡献意见，以相商榷。”[52]蒋并表示，“宪草只是党派协议，我们大家不能包办民意，还需取决于国民大会将来再斟酌吧。”[53]实际上，蒋介石的这句话已为今后推翻宪草修改原则预埋了伏笔。
蒋介石虽对宪草修改心存不满，但在当时的情况下，也只能吞下这颗苦果，这就在客观上为孙科提供了一个活动的空间。
由于国民党在“五五宪草”修改方面作出了重要让步，
1946初的政协会议在各方的努力下，就会议的五个重要议题都达成了协议，孙科作为国民党首席代表参加了会议的全过程。在讨论过程中，孙科的立场较为弹性，一般多能考虑吸取其他党派的意见主张。同时作为会议临时主席，孙科在安排会谈、协调各方等方面，也做了大量工作。
然而，政协会议所造成的协议能否落实，首先则取决于执政党方面——即国民党政府的诚意及其贯彻措施。国民党内的反共强硬派C·C集团对政协会议所通过的各项协议持强烈反对的立场。1946年2月10月，国民党右派挑起“较场口事件”，李公朴、郭沫若、施复亮被殴受伤，当晚民盟召开紧急会议，孙科、周恩来等均到场。到了1946年3月召开的国民党六届二中全会上，C·C派的活动达到高潮。他们一方面攻击中共对政协会议抱有阴谋，利用政协会议拖延时间，积极备战；另一方面将矛头指向国民党内的开明派，指责彼等对中共妥协退让，“丧权辱国”。在国民党及其强硬派的进攻面前，自由派在国民党的活动空间日益缩小，孙科面临党内强硬派的巨大压力，左右为难，进退失据。1946年春，孙科的政治立场开始再度发生变化，逐渐显示向右转的端倪。