1946年政协会议一共召开了9次全体会议，中心议题有5个：A、政府组织；B、施政纲领；C、国民大会；D、宪法草案；E、军事问题。
孙科在政协会议期间的主要活动集中在“政府组织”和“宪法草案”的讨论与修改方面。
1、国民政府委员就原有名额增加三分之一，即从现有36名国府委员，再增加12名，共为48名。
2、新增国府委员将由国民政府主席提选任党外人士充任之。
3、行政院设政务委员若干人，将兼任各部会长官。
4、国民政府主席有紧急处置权，但应于处置后，报告国民政府委员会。[41]
对于这份方案，国民党出席政协会议代表王世杰作口头声明予以解释。王世杰声称，此方法表达的国民党的基本理念乃是同时兼顾“法律”与“事实”。即：政府组织形式应适应国内政治发展的变化，使之容纳党外人士；但目前是到宪政的过渡阶段，任何变动都不应动摇法律系统，现有的变化应与未来的宪政制度相衔接。[42]
对于孙科所提的扩大国民政府案，民盟代表张东荪表示异议。他提出，“光讨论政府组织是不够的！必以先实施保障人民自由法令为条件”，应先把被关押的政治犯放出来。他说，“我是坐过监牢的，饱人不知饿人饥，在监牢中的人是没有一点钟不想早出来，千万不能慢”。民盟代表梁漱溟发言支持张东荪。梁漱溟表示，“如果此事不先做到，我们不愿再讨论其他问题”。[43]
中共方面也就“人民自由权利”发表重要意见。中共首席代表周恩来表示支持张东荪、梁漱溟的提议，呼吁国民党政府立即释放张学良和杨虎城。周恩来指出，张、杨兵谏，“为民族产生了惊天动地的团结抗战”，“要是张、杨两先生释放了，西北与东北父老乃至全国人民，谁不欢欣，何必不做！”[44]
对于孙科有关改组国民政府问题的意见，董必武代表中共作出反应。董必武表示，中共的基本态度是在现政府的基础上来改组。第一、中共承认蒋主席的领导；第二、承认国民党是第一大党；第三、不变动政府的各院部会组织机构。但是，中共在改组政府的具体办法方面，持有与国民党不同的意见：
1、中共认为改组政府应有一个共同纲领，这个纲领应包括人民的自由权利等问题。
2、中共虽承认国民党为第一大党，在政府职位中应占多数，但根据中共做地方政权工作的经验，最好政府主要职员大党所占地位不要超过三分之一。
3、国民政府委员人选由蒋介石提交国民党中央执委会通过而任选，如此还是国民党一党专政的形式。因此，主席提人选时，最好要和政治协商会议协商。
4、主席紧急处置权将会促使手令制的发展，因此，主席的命令还是要经会议通过，而且要有人副署。
5、各院都会改组不应该仅限长官而已，也应包括各院部会改组，使各党派、无党派有广泛机会参与政府。
6、改组后，国民党的费用不应再由国库开支。[45]
对于中共方面的诘问，在当天的大会上，国民党方面由张厉生、邵力子、王世杰等作出回答，孙科作为会议的临时主席，主持代表发言的程序，没有表示自己的意见。但是，这个问题一直是政协会议上争论最激烈的问题之一。争论的焦点是，国府委员的名额分配，国民党方面坚持占有二分之一的国府委员名额，中共所提出三三制办法，即国民党、各党派、社会贤达各占三分之一。孙科认为，“三三制”的结果，“国民党是绝对少数”，又说“国民党非要过半数，这个问题不能解决”。[46]中共方面在请示了延安后，作出让步，
1、鼓吹“人民有权，政府有能”。孙科重谈十年前的老调，空谈“政府是为人民所产生，官吏是人民的公仆，亦为人民所信任而选出。因此所组织的政府，应该给他相当的权，俾有充分能力执行职，使政治效能充分表现”。孙科就此指责西方议会制政府效能不彰，“不能应付时代需要”。反之，中国政府则因确保政府有能，而比议会民主国家“确有进步”。