孙科对共产党态度变化的主要标志，是他要求国民党改变“反共心理”与反共“作风”。
孙科认为，随着反法西斯战争的逐步胜利，已出现一个世界性的民主潮流，民主潮流的特征之一是联共而非反共。他指出：“十年三十年前，世界许多国家，也是同我们一样，讨厌共产党，害怕共产党，要消灭共产党”，致使“反共潮流逐渐变成反民主的潮流”，终于“酿成这次世界大战”。及至今日，“民主潮流已将反民主的潮流压倒，也就是把反共的潮流压倒”。反共已成为过时的东西。孙科指出，“英美现在已没有反共的宣传”，“反动老祖宗的意大利，现在亦已放弃反共，且有共产党加入政府”，[18]“可是我们现在还是反共”，孙科质问道：“我们还有没有保持‘反共’、‘防共’的那种作风的必要”？“一面容共，一面反共，这不是矛盾吗”？孙科要求国民党“扫除反共心理”，他指出，“我们不能脱离世界”，“‘反共’不但违背世界的潮流，而且没有认清自己的环境”。[19]
孙科批评“主张对中国共产党非用武力不可”的论调，[20]他一方面强调“军队必须统一在国家系统之下”，[21]同时又指出“政治解决”的先决条件在于国民党放弃反共政策。孙科认为，“对共产党问题”应“以理智的判断求其解决”，而问题的关键，“只看我们同志间能否改变心理与作风”。[22]
孙科对国民党反共政策的上述批评，并非表明他赞成中共的立场，他是站在维护国民党利益的立场，看待与共产党的关系。孙科主张与共产党改善关系，是基于如下几个重要因素。
孙科认为，随着第三国际的解散，中共“进行共产革命”的“国际背景”已不复存在，对其已不必“害怕”。而苏联则因为要在“一、二十年里复兴，发展国内事业”，“希望中国对他谅介，维持友好关系，亲睦善邻”，因此，中共“要进行共产革命”，不仅“英美资本主义国家一定不赞同，就是苏联也不许可”。[23]孙科认为，与此紧密联系的还有中共对遵守三民主义所作的承诺，即“1937年共产党已经改变立场，公开宣言承认三民主义为中国革命的领导原则”。[24]他说，这个承诺表明，中共“已经显明地认定，使中国仿效苏联式的苏维埃化是不适宜的，而且是不能实现的”，[25]“这种信念是经过与国民政府悠久的九年战争，企图夺取政权终于失败后，才产生出来的”。孙科断言，这些情况使“中国共产党非走上三民主义的路”，“所以我们对于中国共产党不要害怕，共产党不能消灭国民党”。[26]
另外，孙科相信用武力不能“消灭”中共，主张承认中共对部分地区控制之现实。他说，“如用武力暴力要求统一，那只是假的统一，只是一时的解决，是不会永久维持的”。明确表示反对在“这次反侵略战争胜利以后”，“再来进行内战”。孙科强调，“不但人民经不起这种牺牲，试问，国家的前途还成个什么样子”？他说，“我们不能再关起门来自己打自己”，“所谓剿共其实没有法子去做，因为头一件未必有绝对胜利的把握”。因此，孙科提出，“今天要解决中国共产党问题，绝不可也绝不能用武力”。[27]
最后，从对东北前途的预测上，孙科深虑反共必危及国民党命运。孙科长期留心于国际问题的研究，对时局的分析有一定的预见性。在1944年，孙科即预感苏联将出兵东北，并把此与中共问题加以联系。孙科分析道，当“欧洲战争了结”，“苏联也有参加对日作战的可能”，“苏联出兵打日本……一定在东北”。“假使到那个时候，我们与苏联还没有密切合作，他也许不会来找我们，也许来不及找我们，因为我们的兵力还没到达那里，那时他们当然要找他所认识的人，很可能找中国共产党”。[28]对此前景，孙科深为忧虑，他说“未来的东北情形假便是这样发展，……东北在中国共产党手里，……这样又有一个可能，当然要与中国共产党打起来，而后面有苏联帮他的忙，结果非同苏联打仗不可”。此种前景使孙科不寒而怵，于是他一再提醒国民党，中苏“接壤万里，苏联的最终目的是行共产主义，我们如果取反共立场，当然人家要当心我们，以为反共就是反苏”。为此孙科重申，“今后我们要建国，唯一的条件，是需要与我们的盟邦亲善，……国内问题只有用政治方法求解决，不能用武力解决”。正因对国民党前途充满忧虑，使得孙科对内战持坚决反对的态度。1944年当一些国民党中委向孙科鼓吹“对中共非用兵不可”，散布“国内战争迟早要打”时，孙科一再劝诫他们：“再打内战的时机已经过去了，再走回头路做这个工作是不可能的”。[29]
孙科在1943—1945年与美国驻华使馆人士接触密切，