三十年代初、中期，面对“社会动乱，社会危机的加速”，孙科关于先发展国家资本，后实行平均地权的主张发生了明显的变化。农村经济的破产和共产党力量的壮大，促使孙科转而把解决土地问题放到突出位置。孙科惊呼“国步艰危、民生凋弊”，“民国以来没有如今之甚至！”[41]广大农民由于“受不良政治的影响，苛捐杂税的勒索”，土豪劣绅的剥夺以及“水旱灾害荒的损失”，加上日本帝国主义侵略的“外力压迫”，早已陷于破产之境。他指出，“农村经济日益衰弱、……整个国民经济根本动摇”，“所以整个国家，竟陷入于震荡的状态中”。[42]孙科以东南沿江沿海一带农村破产为例：由于“东南一带自耕农、佃农、……经济生活最为因苦、社会地位最为低下”，遂使“抗租风潮层出不穷”，而究其原因，“不可不谓租佃制度之不振、佃农生活之过于惨苦而造成。”[43]孙科惊呼，土地问题不解决，对国家“前途是不堪设想的。”孙科承认国民党对于民生政策，“不管是从积极建设方面，或是消极治标方面均没做到”，尤其对“平均地权”到“现在还没有实施”；孙科说，为此国民党“应该在总理遗像前请罪”。[44]
孙科在分析农村经济破产的情况时，对共产党力量在农村的发展极为恐惧。他认为共产党之所以能壮大，“就是以暴动的手段，把土地从地主手中夺取过来，分给一般无以为生的农民”；“农民得到经济上的利益，当然要参加他们的运动”。孙科声称，共产党“攻城掠地”－“这完全是经济的原因”。孙科鼓吹对付共产党和红军“不能单靠军事力量来彻底解决，要解决这个问题，必须用政治的方法，尤其是经济的方法”。孙科强调，平均地权不实现，“非但革命不能成功，恐怕连现在努力所取得的结果，将来亦保不住”。[45]此时，孙科已完全把“平均地权”放到了“发达资本主义国家”之前了。
孙科提出了他的解决土地问题的基本设想：
第一，认为解决农村危机的方法在于“调正现有之租佃关系”。[46]此时，孙科批评“地主侵取不当”，指出：“农民经济之崩溃”最终原因，在于农民“无土地以资耕种”，“而地主坐享其成”。[47]一方面，孙科承认农村大地主是反对平均地权的，“因为民生主义实行以后，他们垄断土地的益权，便要受到打击”，但又强调土地所有制问题“错综复杂、颇难分析”。虽然他本人一再呼吁要“迅速实现”耕者有其田，然而在他看来，对于地主的“侵取不当”，只要适当预予以“调正”即可使“人尽其力、地尽其利”、“投机者无所取巧，劳动者各有其地”，[48]这实际上仍是纸上谈兵，完全没有进入到具体改革的实际操作层面。
第二，提出一系列改良主义方法，试图缓和地主和农民的严重冲突，以稳定国民党在广大农村的统治。孙科回避了地主土地所有制这个关键问题，提出一些具体的改良方案。孙科的解决方法包括：从速实行累进地价税，向地主发行土地债券，由政府把从地主手中征收的,转让给佃农，由农民分年摊派农产品，抵还所得土地的本息；政府组织土地金融机关，向农民发放耕地资金；成立各种类型的“农民产销合作社”和“消费合作社”等等。孙科认为，如此“不难使农民恢复其最低限度自给的生活”。[46]
尽管孙科的这些主张出自维护国民党统治的苦心，然而在三十年代根本得不到蒋介石的重视。
时至抗战后期，随着国民党腐败日益加深，农村民变蜂起，孙科对农村的焦虑感更加强烈，他的态度也随之更趋激进，孙科竟接过共产党的口号，呼吁以打击地主豪绅来解决农民土地问题，希望国民党统治集团迅速采取革新措施，来缓和农村的尖锐的阶级矛盾。
孙科认为，国民党拖延实施平均地权和乡村基层组织全部被土豪劣绅占据，是危及国民党统治、造成新的社会革命的最大因素。孙科分析道，国民党基层政权的蜕化和土地问题难以解决是互为因果的，因为“县以下基层组织都操纵在土豪劣绅手里”，尽管他们“作威作福”、“对人民的生命财产是视同儿戏”，但国民党却把征兵、征粮授权他们办理，“更增加了他们鱼肉乡民的机会”。孙科质问道：“为什么拿这些土豪劣绅作基层的力量？”“为什么还是使土豪劣绅居其位剥削老百姓？”[52]孙科断言，目前存在“很大的危险”，这就是“假使党将来果代表地主阶级和地方上的恶劣势力，我们的革命也要随之变质，国家也要变质”，孙科提出对此“要特别的警觉提防”。[53]